在船舶挂靠经营的情况下，船员与被挂靠公司劳动关系的认定是一个复杂且具体的问题，需要综合考虑多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

结论前置

在船舶挂靠经营中，船员与被挂靠公司之间是否构成劳动关系，需根据具体情况判断，主要依据双方是否存在事实劳动关系的特征。

分析说明

1. 事实劳动关系的认定标准：

   • 相关凭证：包括招工登记表、报名表、工资单、社保记录、考勤表、工作证、服务证等。若船员的这些凭证由被挂靠公司发放，可认定其与被挂靠公司具有事实劳动关系。
   • 管理上的从属关系：需判断船员是否接受被挂靠公司的管理、指挥和监督。如果船员的工作安排、报酬支付、劳动纪律等均由船舶实际经营人（而非被挂靠公司）决定，则船员与被挂靠公司不存在管理上的从属关系。
   • 劳动的性质与报酬：船员从事的劳务是否属于被挂靠公司业务的直接组成部分，以及船员是否根据被挂靠公司的工资分配原则领取劳动报酬，也是判断劳动关系的重要因素。

2. 挂靠行为对劳动关系认定的影响：

   • 挂靠行为本身违法，但不能直接作为认定船员与被挂靠公司存在劳动关系的依据。劳动关系的认定应基于上述事实劳动关系的标准。
   • 挂靠协议是船舶实际经营人与被挂靠公司之间的约定，对船员不产生法律效力。因此，挂靠协议的内容不能作为判断船员与被挂靠公司是否存在劳动关系的依据。

3. 实际案例分析：

   • 在某些案例中，法院根据上述事实劳动关系的标准，认定船员与被挂靠公司不存在劳动关系。例如，当船员由船舶实际经营人聘请、管理，并支付报酬，且船舶实际经营人并非被挂靠公司员工时，法院倾向于认定船员与被挂靠公司不存在劳动关系。

法律建议

• 对于船员而言，在船舶挂靠经营的情况下，应明确自己的雇主身份，了解与自己建立劳动关系的主体，以便在发生劳动争议时能够准确地确定维权对象。
• 对于被挂靠公司而言，应规范挂靠行为，明确与船舶实际经营人之间的权利义务关系，避免因挂靠行为而引发不必要的劳动争议。

综上所述，船舶挂靠经营时船员与被挂靠公司劳动关系的认定需根据具体情况判断，主要依据双方是否存在事实劳动关系的特征。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。