结论前置：在抵押权已登记但禁止转让约定未登记的情况下，抵押权依然有效，且抵押人违反禁止转让约定转让抵押财产的行为，对于善意第三人而言通常有效，但抵押权人仍可在特定条件下依法行使抵押权。

详细分析：

1. 抵押权的有效性：

   • 抵押权作为一种物权，其设立、变更和消灭均需依法登记。在本案例中，抵押权已登记，因此其合法有效存在。
   • 抵押权的存在不依赖于禁止转让约定的登记。即使禁止转让约定未登记，也不影响抵押权的效力。

2. 禁止转让约定的性质与效力：

   • 禁止转让约定是抵押合同中的一部分，用于限制抵押人对抵押财产的处分权。
   • 然而，该约定仅在合同双方之间产生约束力，若未登记，则不能对抗善意第三人。

3. 抵押财产的转让与物权变动：

   • 抵押人违反禁止转让约定转让抵押财产时，转让合同本身通常有效，因为合同的效力主要依据合同双方的真实意思表示及是否符合法律强制性规定来判断。
   • 在抵押财产已交付或登记的情况下，转让行为通常能发生物权效力，除非抵押权人有证据证明受让人知晓存在禁止转让的约定。

4. 抵押权人的权利保护：

   • 抵押权人不受禁止转让约定未登记的影响，仍可在债务人不履行到期债务时，依法处置抵押财产并优先受偿。
   • 若转让行为可能损害抵押权，抵押权人可以请求抵押人将转让所得的价款提前清偿债务或提存。
   • 抵押权人还有权在抵押人违反禁止转让约定时，请求其承担违约责任。

总结： 综上所述，抵押权已登记但禁止转让约定未登记的情况下，抵押权依然有效。抵押人违反禁止转让约定转让抵押财产的行为，对于善意第三人而言通常有效，但这并不妨碍抵押权人依法行使其抵押权。在实际操作中，抵押权人应密切关注抵押财产的变动情况，并在必要时采取相应措施以保护自身权益。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。