公司说员工在综合工时制下倒欠工时是不合法的。下面我对这一问题进行详细分析：

一. 综合工时制的定义与特点

1. 定义：综合工时制是指因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
2. 特点：在综合工时制下，员工的工作时间可以在一定周期内灵活安排，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

二. 倒欠工时的合法性分析

1. 工时计算：根据综合工时制的定义，员工的工作时间应在一个周期内进行综合计算。如果员工在没有迟到、早退、旷工的情况下，按照公司的工作安排进行了工作，那么员工不应存在“倒欠工时”的情况。
2. 法律法规：根据《劳动法》及相关规定，员工按照公司的工作安排进行工作，公司应确保员工的工作时间符合法律法规的要求，不得无故克扣员工的工时或要求员工“倒欠工时”。
3. 实际操作：在实际操作中，如果公司认为员工在某段时间内工作效率低下或未完成工作任务，应通过合理的绩效考核制度来处理，而不是简单地要求员工“倒欠工时”。

三. 结论与建议

• 结论：综上所述，公司在综合工时制下说员工倒欠工时是不合法的。员工应按照公司的工作安排进行工作，公司也应确保员工的工作时间符合法律法规的要求。
• 建议：如果公司存在此类情况，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误做法。如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。

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