可以请求确认行政协议部分条款无效。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十二条，行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。这一规定同样适用于行政协议中的部分条款，即如果行政协议中的某些条款存在重大且明显违法情形，人民法院也可以确认这些条款无效。
二、行政协议部分条款无效的情形
行政协议中的部分条款可能因以下原因而被认定为无效：
违反法律强制性规定：如果行政协议中的某些条款违反了法律的强制性规定，如违反公序良俗、损害国家利益或社会公共利益等，这些条款将被视为无效。
恶意串通损害他人权益：行政机关与相对人在行政协议中恶意串通，损害他人合法权益的条款也将被认定为无效。
以合法形式掩盖非法目的：如果行政协议中的某些条款表面上看起来合法，但实际上是为了掩盖非法的目的而签订的，那么这些条款同样会被视为无效。
其他重大且明显违法的情形：除了上述几种情况外，还有其他一些可能导致行政协议部分条款无效的情形，如行政机关超越职权范围签订协议中的某些条款、条款内容显失公平等。
三、请求确认行政协议部分条款无效的程序
当认为行政协议中的部分条款存在无效情形时，可以通过以下程序请求确认其无效：
收集证据：需要收集能够证明行政协议中相关条款无效的证据材料，如相关法律法规、政策文件、协议文本、履行情况等。
提起诉讼：可以向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，请求确认行政协议中的部分条款无效。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明其主张。
参与庭审：在庭审过程中，需要充分阐述其观点，并对对方提出的反驳意见进行回应。同时，也需要接受法院的询问和调查。
等待判决：法院将根据双方提供的证据和辩论情况作出判决。如果法院认定行政协议中的相关条款确实存在无效情形，将依法确认这些条款无效。
综上所述，可以请求确认行政协议部分条款无效，但需要提供充分的证据并遵循相应的法律程序。如有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。