公司自己制定加班费标准，员工离职时一般可以主张差额，但具体情况需根据劳动合同和实际履行情况来判断。
首先，我们要明确的是，公司有权在劳动合同中约定加班费的标准，但这种约定不能违反国家法律法规的强制性规定，比如最低工资标准、最长工作时间等。如果公司制定的加班费标准低于法定标准，那么员工在离职时是有权主张差额的。
具体来说，有以下几种情况：
劳动合同有明确约定：如果劳动合同中明确约定了加班费的标准，并且这个标准不低于法定标准，那么公司按照约定支付加班费是合法的。但如果实际支付的加班费低于约定的标准，员工离职时可以主张差额。
劳动合同无明确约定或约定不明：如果劳动合同中没有明确约定加班费的标准，或者约定不明确，那么公司应当按照国家法律法规规定的标准支付加班费。如果公司实际支付的加班费低于法定标准，员工离职时同样可以主张差额。
“包薪制”等特殊情况：在某些特殊情况下，比如“包薪制”，公司和员工可能会在劳动合同中约定一个包含加班费的月薪。这种情况下，如果员工在在职期间从未对加班费提出异议，并且每次都在考勤记录上签字确认，那么仲裁委或法院可能会认定这种约定是有效的。但即便如此，如果公司实际支付的工资（包括加班费）低于当地最低工资标准，或者违反了最长工作时间的规定，员工仍然有权主张差额。
因此，员工在离职时是否能主张加班费差额，需要根据具体情况来判断。如果公司制定的加班费标准低于法定标准，或者实际支付的加班费低于约定或法定标准，员工都有权主张差额。建议员工在离职前仔细核对自己的工资和加班费支付情况，如有异议应及时与公司沟通或向劳动仲裁部门申请仲裁。