当公司股东违法时，其股份的处理方式需根据具体情况来综合判断，以下是一些可能的处理途径：
一、司法机关的处理
若股东违法涉及刑事犯罪，司法机关有权对其名下的股份进行查封、冻结。在刑事判决生效后，司法机关可能会对股份进行拍卖或变卖，所得款项将用于执行刑事处罚中的财产刑，例如罚金或退赔被害人的损失。
二、公司内部的处理
依据公司章程处理：
- 若股东的违法行为违反了公司章程的规定，公司可依据章程的约定对其进行处理。例如，章程中可能约定了股东在特定违法情形下，公司有权强制回购其股份。
- 公司可召开股东会，按照法定程序通过决议，对该股东的股份进行回购，回购价格通常按照公司章程或相关协议来确定。
股东会决议：
- 若股东的违法行为损害了公司或其他股东的利益，公司可通过股东会决议来限制该股东的某些权利，如表决权、分红权等。
- 在某些情况下，甚至可以通过法定程序将其除名。
三、民事诉讼与赔偿
民事赔偿责任：
- 若股东的违法行为给公司或其他股东造成了经济损失，公司或其他股东可通过民事诉讼要求其承担赔偿责任。
- 在执行阶段，也可能涉及对该股东股份的强制执行，用以赔偿损失。
股权转让：
- 若股东违法情节严重，导致其不适合继续作为股东，其他股东可通过股权转让等方式，促使该股东退出公司，以保障公司的正常运营和其他股东的合法权益。
四、行政与刑事责任
行政责任：
- 监管部门可能对违法的股东进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
刑事责任：
- 若股东的违法行为构成犯罪，将依法追究其刑事责任，可能面临刑罚。
综上所述，处理股东违法后的股份问题需综合考虑多个方面，包括司法机关的介入、公司内部的规定、民事诉讼的赔偿以及行政与刑事责任的承担。在处理过程中，应确保遵守相关法律法规，并充分保护公司和其他股东的合法权益。