当公司法人股东（这里假设您指的是公司法人代表或核心管理层成员，因“法人股东”通常指作为法人的股东实体，而问题核心在于法人代表或管理层的行为）违反公司章程时，这确实是一个需要严肃对待的问题。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、明确违反章程的性质与潜在后果
公司章程是公司运营的“宪法”，对公司及其所有成员，包括股东、董事、监事、高级管理人员等，都具有法律约束力。法人代表作为公司的核心代表，其违反章程的行为可能对公司造成重大损害，包括但不限于财务损失、声誉损害、运营中断等，并可能破坏公司的正常运营秩序和发展前景。
二、内部处理机制
召开股东会或董事会：
- 对于法人代表的违规行为，首先应考虑通过公司内部治理机制进行解决。股东会或董事会（根据公司的具体治理结构）作为公司的决策机构，有权对违规行为进行审议和决策。
- 可以提议召开临时会议，讨论并决定对违规法人代表的处理措施，如批评警告、要求纠正行为、限制其部分职权等。
监事会监督与报告：
- 监事会作为公司的监督机构，有责任监督法人代表的行为是否符合章程。一旦发现违规，监事会应立即要求法人代表纠正，并进行调查。
- 若法人代表拒绝纠正或违规行为严重，监事会应向股东会或董事会报告，推动进一步处理，包括但不限于提议解除其职务。
依据章程规定执行处罚：
- 公司章程中可能已规定了对于违规行为的处罚措施，如警告、罚款、限制权利、解除职务等。应依据这些规定对违规法人代表进行处罚。
三、法律途径
股东诉讼：
- 当法人代表的违规行为损害公司利益，且公司内部机构怠于行使职权时，符合条件的股东可以提起股东代表诉讼，要求法人代表赔偿公司损失。
- 若违规行为直接损害股东个人利益，股东还可以提起直接诉讼，维护自身权益。
公司诉讼：
- 公司本身也有权向法院起诉违规法人代表，要求其承担法律责任并进行赔偿。这通常是在违规行为对公司造成重大损失时采取的措施。
向相关部门举报：
- 如果法人代表的违规行为同时违反了行政管理法规（如工商登记管理规定、税收法规等），股东或其他利害关系人可以向相关行政管理部门举报。
- 行政部门将依法进行调查，并对违规行为进行处罚，这可能包括罚款、吊销执照等严厉措施。
四、风险防范与内部治理建议
加强内部治理：
- 公司应完善监督机制，确保所有成员严格遵守公司章程和法律法规。这包括建立健全的内部控制体系、加强内部审计和合规检查等。
建立健全内部管理制度：
- 制定并执行严格的内部管理制度和风险控制机制，以降低经营风险。这包括明确各岗位的职责和权限、建立审批流程、加强信息披露和透明度等。
定期培训与教育：
- 定期对公司成员进行法律法规和公司章程的培训和教育，提高他们的合规意识和风险意识。这有助于预防违规行为的发生，并促进公司的稳健运营和持续发展。
综上所述，对于公司法人代表违反公司章程的行为，公司应首先通过内部处理机制进行纠正和处罚；必要时，可依法寻求法律救济。同时，公司应重视风险防范和内部治理工作，确保公司的稳健运营和持续发展。