针对违反公司章程的行为，处理方式需根据行为主体、行为性质及后果进行具体分析，以下从不同角度提供解决方案：

一、股东违反公司章程的处理

1. 内部救济途径
   若股东行为违反章程（如未履行出资义务、违规转让股权等），公司可通过股东会决议限制其权利（如表决权、分红权），或要求其承担违约责任（如补足出资、支付违约金）。
   法律依据：根据《公司法》及相关司法解释，股东未履行出资义务的，公司可要求其向公司足额缴纳，并向已按期足额缴纳的股东承担违约责任。

2. 诉讼途径
   若股东行为损害公司或其他股东利益，受损方可直接向法院提起诉讼，要求确认行为无效或赔偿损失。
   示例：股东擅自以公司名义对外担保，违反章程规定的决策程序，公司可起诉要求确认担保无效，并追究股东赔偿责任。

二、法人（董事、高管）违反公司章程的处理

1. 内部处罚机制
   公司可通过股东会或董事会决议，对违反章程的法人进行处罚（如罢免职务、扣减薪酬）。
   法律依据：根据《公司法》第149条，董事、高管执行职务时违反法律、行政法规或公司章程，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。

2. 股东代表诉讼
   若法人行为损害公司利益，股东可书面请求监事会（或不设监事会的监事）提起诉讼；若监事会拒绝或未及时起诉，股东可自行以公司名义起诉。
   示例：董事长未经股东会同意，擅自处置公司重大资产，违反章程规定，股东可依据上述程序追究其责任。

三、公司章程本身违反法律的处理

1. 条款无效认定
   若章程条款违反法律强制性规定（如限制股东权利、规避税收等），相关条款自始无效，公司需及时修订。
   法律依据：根据《公司法》第11条，设立公司必须依法制定公司章程，章程内容不得违反法律、行政法规。

2. 行政与司法纠错

   • 行政途径：若章程违法涉及行政管理（如未依法备案），行政主管部门可责令改正或处罚。
     
   • 司法途径：股东或利害关系人可向法院起诉，请求确认违法条款无效，并要求公司重新制定合规章程。
     示例：章程规定“股东会决议需全体股东一致同意”，违反《公司法》关于表决权比例的规定，法院可宣告该条款无效。

四、违反公司章程的法律后果

1. 对公司的后果

   • 违法章程可能导致公司治理结构失效（如决策程序违法），影响公司正常运营。
     
   • 情节严重的，可能面临行政处罚（如吊销营业执照）或民事赔偿（如因章程违法导致合同无效，需承担缔约过失责任）。

2. 对股东的后果

   • 股东依据违法章程行使的权利可能不受法律保护（如章程违法限制股东知情权，股东诉求可能被驳回）。
     
   • 若股东参与制定违法章程并造成损失，需承担连带赔偿责任。

3. 对交易相对人的后果

   • 若章程违法影响公司对外交易效力（如章程未公示导致交易相对人不知情），交易相对人可主张合同无效或要求赔偿。

五、处理流程建议

1. 内部协商与修订：首先通过股东会或董事会决议，修改违法章程条款，确保合规。
   
2. 法律救济：若内部协商无果，受损方可依法提起诉讼或申请仲裁，要求确认行为无效或赔偿损失。
   
3. 行政备案：修订章程后，需及时向市场监管部门备案，确保程序合法。

总结：违反公司章程的行为需根据主体、性质及后果分类处理，核心原则是“合规优先、权益保护”。若您遇到具体问题（如章程条款合法性审查、违约责任追究等），可直接向我咨询，我将结合案情提供详细方案。