当公司股东违反公司章程时，这是一个涉及公司治理和股东权益的重要问题，需要采取一系列综合措施来应对。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、法律后果概览
股东违反公司章程，首先可能面临民事责任，如股东权利的限制或剥夺、损害赔偿责任，以及决议效力瑕疵等。在行政责任层面，若违反涉及工商登记等事项的条款，可能面临监管处罚。而在极端情况下，严重违反章程且构成犯罪的行为，还可能触发刑事责任。
二、具体违规情形及应对
出资义务违反
- 抽逃出资：股东完成验资后非法转出资金，既违反《公司法》，也违背章程约定的资本维持原则。对此，公司可要求股东返还出资，并可能提起股东除名诉讼。
- 逾期出资：若章程明确出资期限而股东未履行，其他股东可主张违约责任，公司亦可催告失权或要求支付逾期利息。
公司治理越权
- 超越权限决策：如总经理未经授权签署重大合同，属于越权行为，可能导致合同无效或公司承担赔偿责任。公司应追究相关责任人的责任，并考虑调整公司治理结构以防止类似事件再次发生。
- 程序性违规：如监事会召集临时股东会未提前通知全体股东，即使决议内容合法，也可能因程序瑕疵被撤销。公司应严格遵守章程规定的程序，确保决策的合法性和有效性。
财务规范突破
- 私设小金库：将公司收入存入个人账户规避监管，既违反财务制度，也违背章程关于资金管理的规定。对此，公司应追究相关责任人的法律责任，并加强内部控制和审计。
- 违规担保：公司为实际控制人债务提供担保未履行章程规定的内部审批程序，担保人可能主张担保无效。公司应严格审查担保事项，确保符合章程和法律规定。
三、合规应对与救济路径
内部纠正机制
- 章程修订：发现原章程存在漏洞时，可通过股东会特别决议进行修改，并及时办理工商备案。
- 追责流程：监事会发现违规行为后，应书面提请董事会/股东会处理，必要时可提起代表诉讼追究责任人责任。
外部司法救济
- 民事诉讼：受损方可根据具体案情选择违约之诉或侵权之诉，要求违规股东承担赔偿责任。
- 行政诉讼：对行政机关基于章程违规作出的处罚决定不服，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
刑事风险防范
- 合规体系建设：建立章程专项审查制度，确保重大决策符合章程及法律规定。
- 危机应对：发现涉嫌犯罪行为时立即向公安机关报案，并配合调查取证。
四、实践建议
章程制定阶段
- 细化操作规则：将《公司法》原则性规定转化为可执行条款，明确“重大事项”的具体金额标准、股东会召集的具体通知方式等。
- 设置弹性条款：预留特殊情形的处理空间，如规定“本章程未尽事宜参照行业惯例或经三分之二以上表决权通过后实施”。
日常运营阶段
- 定期合规审计：聘请专业机构对公司治理进行年度审计，重点检查章程执行情况。
- 强化培训教育：组织董监高学习章程及配套制度，确保其准确理解权责边界。
争议解决阶段
- 证据固定：保存股东会决议、董事会纪要、往来函件等书面材料，作为主张权利的依据。
- 专家辅助：复杂案件中引入公司法专家证人，就章程解释问题提供专业意见。
综上所述，面对股东违反公司章程的情况，公司应首先尝试内部沟通与协商，若无效则可依次采取要求承担违约责任、限制股东权利、强制转让股权、解除股东资格等法律手段。同时，加强公司章程的建设和完善也是预防未来纠纷的重要措施。希望这些建议能对您有所帮助。