当股东违反公司章程或特定法律规定时，公司有权在一定条件下将其除名。以下是对如何将违反公司规定的股东除名的详细解答：

一、适用情形

股东除名主要适用于以下两种情形：

1. 未履行出资义务：股东未按照约定履行其出资责任。
2. 抽逃全部出资：股东在公司成立后，非法将其已投入公司的全部出资抽回。

对于其他违反公司章程的行为，若章程中有明确的除名规则及流程，且行为严重到足以影响公司正常运营或股东间信任关系，也可能构成除名的理由。

二、操作流程与步骤

1. 催告与整改：

   • 公司首先应向违规股东发出书面催告，要求其纠正行为，并给予合理的整改时间。

2. 召开股东会会议：

   • 若股东在催告期内未整改，公司应召集股东会会议，讨论并决定是否将该股东除名。
   • 会议应确保有足够的出席人数和表决权比例，以满足公司章程或法律的要求。

3. 进行表决：

   • 在股东会会议上，对除名事项进行表决。通常建议按照较为严格的标准进行表决，如需达到代表三分之二以上表决权的股东通过。

4. 作出除名决议并通知：

   • 若表决通过，股东会应作出正式的除名决议，并及时以书面形式通知被除名的股东，说明除名的具体原因、依据及后续处理事宜。

5. 办理变更登记：

   • 公司需根据公司章程和法律规定，向公司登记机关申请办理股东变更登记手续，将被除名股东的相关信息从登记文件中去除，并对公司章程、股东名册等文件进行相应修改。

三、股权处理

股东被除名后，其股权的处理方式通常如下：

1. 按章程规定处理：若公司章程对除名后股权的处理有明确规定，如公司以合理价格回购股权，则按章程执行。
2. 股东会决议：若无章程规定，公司应召开股东会决议股权处置事宜。常见方法包括由其他股东受让该部分股权，或公司进行减资，注销被除名股东对应的股权。

四、司法救济与法律后果

• 司法救济：被除名股东如对除名决议有异议，可在法定期限内请求人民法院撤销该决议。
• 法律后果：除名后，公司需考虑股权处理、是否需要支付补偿金等法律后果，并确保符合相关法律法规的规定。

五、注意事项

1. 程序合法：整个除名过程必须严格遵守法律程序和公司章程的规定，确保公正透明。
2. 证据充分：除名决定应基于充分的事实和证据，以避免引发后续法律纠纷。
3. 法律咨询：建议在采取任何行动之前寻求专业律师的法律意见和指导，以确保操作的合法性和有效性。

综上所述，将违反公司规定的股东除名是一个复杂且严肃的过程，需要公司严格按照法律程序和公司章程进行操作，并确保整个过程的公正性和透明度。