针对“公司法人违反公章怎么处理”的问题，首先需要明确的是，公章作为公司对外代表的关键象征，其管理和使用必须严格遵守公司规定和法律法规。如果公司法人违反公章使用规定，比如私藏或私刻公章，这将严重破坏公司管理秩序，并可能给公司带来运营和交易上的困扰以及法律和财务上的风险。

对于这种情况，公司可以采取以下步骤来处理：

一、内部沟通与协商

1. 发现法人违反公章规定后，公司应首先尝试通过内部沟通的方式解决问题。
2. 与法人进行面对面的交谈，明确指出其行为的严重性和对公司造成的负面影响。
3. 要求法人立即归还公章或停止私刻公章的行为，并恢复正常使用。

二、法律途径维权

1. 如果内部沟通协商无果，公司可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
2. 收集相关证据，如法人私藏或私刻公章的证人证言、因公章问题导致公司业务受影响的文件记录等。
3. 以法人侵害公司权益为由，向法院提起诉讼，请求法院判令法人交出公章、停止侵害行为，并要求赔偿因违反公章规定给公司造成的损失。

三、预防措施与制度建设

1. 为了避免类似情况再次发生，公司应加强公章管理制度的建设和执行。
2. 明确公章的使用权限和审批流程，确保公章的使用符合公司规定和法律法规。
3. 定期对公章进行盘点和检查，确保公章的安全和完整。
4. 加强员工对公章管理重要性的认识和培训，提高员工的法律意识和合规意识。

综上所述，对于公司法人违反公章的处理，公司应首先尝试内部沟通与协商；如果协商无果，则可以考虑通过法律途径来维护自己的权益；同时，加强公章管理制度的建设和执行也是预防类似情况再次发生的重要措施。