当公司股东侵犯公司利益时，可依据不同情况采取以下处理方式：

1. 内部治理途径

• 股东会决议制止：根据《公司法》第20条，股东滥用权利损害公司利益的，其他股东可通过股东会形成决议，要求侵权股东停止侵害并赔偿损失。例如，大股东通过关联交易转移公司资产时，中小股东可提议召开股东会审议关联交易合理性。
• 监事会/董事会监督：监事会或执行董事发现股东损害公司利益时，可依据《公司法》第53条、第149条行使调查权，要求侵权股东返还财产或赔偿损失。若涉及董事、高管与股东串通，可同时追究其连带责任。

1. 司法救济途径

• 股东代表诉讼：符合《公司法》第151条条件的股东（如连续180日单独或合计持股1%以上），可先书面请求监事会/董事会提起诉讼；遭拒或情况紧急时，可直接以自己名义代表公司起诉侵权股东，诉讼利益归公司所有。
• 直接诉讼：若股东行为同时违反股东协议或章程约定（如竞业禁止义务），公司可直接以自身名义起诉，要求股东承担违约责任。例如股东自营同类业务构成不正当竞争时，公司可依据《反不正当竞争法》主张赔偿。

1. 特殊情形处理

• 一人公司人格否认：若侵权股东为一人公司唯一股东，根据《公司法》第63条，债权人可主张股东财产与公司财产混同，要求股东对公司债务承担连带责任。
• 刑事责任追究：若股东行为涉嫌职务侵占罪（刑法第271条）、背信损害上市公司利益罪（刑法第169条之一）等，公司可向公安机关报案，通过刑事程序追缴赃款并处罚犯罪股东。

操作建议：

1. 立即固定证据：包括财务凭证、交易合同、股东会决议等书面材料，必要时申请证据保全
2. 评估损失范围：委托会计师事务所进行专项审计，确定直接经济损失及可得利益损失
3. 制定诉讼策略：根据侵权主体身份（是否兼任董事/高管）、损害结果持续性等因素，选择最优维权路径
4. 同步启动内部治理：通过修改公司章程增设反滥用条款，或设置股东权利行使负面清单，预防同类事件再次发生

具体案件需结合股权结构、损害类型、证据充分性等因素综合判断，建议提供详细案情后进一步分析。