针对故意侵占公司股份的问题，首先明确结论：故意侵占公司股份是违法行为，可能涉及刑事责任和民事责任，具体处理方式需根据侵占的具体情况和法律规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律定性
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意侵占公司股份，如果数额较大或者有其他严重情节，可能构成职务侵占罪或贪污罪（如果是国家工作人员）。职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。贪污罪则是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。
民事责任：
- 除了刑事责任外，故意侵占公司股份的行为人还可能承担民事责任。公司或其他股东可以依法向人民法院提起诉讼，要求行为人返还侵占的股份或赔偿相应的损失。
二、处理方式
内部处理：
- 如果发现有人故意侵占公司股份，公司首先可以通过内部调查来确认事实。一旦确认，公司可以依据公司章程或相关规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、罚款、解除职务等。
法律途径：
- 刑事报案：如果侵占行为涉嫌犯罪，公司可以向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查，并可能由检察机关提起公诉。
- 民事诉讼：公司或其他股东也可以直接向人民法院提起民事诉讼，要求行为人返还股份或赔偿损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明侵占行为的存在和损失的大小。
三、证据收集与保全
证据收集：
- 在处理故意侵占公司股份的问题时，证据的收集至关重要。公司应尽可能收集与侵占行为相关的所有证据，包括但不限于公司章程、股东名册、股份转让协议、银行转账记录、电子邮件、短信等。
证据保全：
- 为了防止证据灭失或难以取得，公司可以在发现侵占行为后立即采取证据保全措施，如向公证机构申请公证、向法院申请诉前证据保全等。
四、预防措施
完善公司治理结构：
- 公司应建立健全的公司治理结构，明确股东、董事、监事和高级管理人员的职责和权限，防止内部人员利用职务之便侵占公司股份。
加强内部控制：
- 公司应加强内部控制，建立严格的财务制度和审计制度，确保公司资产的完整性和安全性。
提高法律意识：
- 公司应定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力，减少侵占行为的发生。
总结来说，故意侵占公司股份是违法行为，可能涉及刑事责任和民事责任。公司应通过内部处理、法律途径等方式来维护自身权益，并加强证据收集与保全工作。同时，公司还应完善公司治理结构、加强内部控制和提高法律意识，以预防类似事件的发生。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。