如果发现身份证被人冒用持有公司股份，为维护自身合法权益，你可按照以下步骤处理，并依法采取相应的措施：

一、明确结论与行动方向

首先，你需要明确的是，冒用他人身份证注册公司或持有公司股份是违法的，你有权并应当采取行动来维护自己的权益。这包括收集证据、向相关部门投诉、报警、寻求法律帮助等。

二、具体操作步骤

1. 收集证据

   • 尽可能收集涉事公司的相关信息，如公司名称、注册地址、股东名册等。
   • 获取身份证被冒用的直接证据，如公司章程、股东会决议、股权转让协议等文件中冒用你身份信息的部分。
   • 准备你在公司注册或股份变更时间段的不在场证明，如旅行记录、工作证明等。

2. 向工商管理部门投诉

   • 携带收集到的证据，前往当地市场监督管理局（原工商管理部门）进行投诉。
   • 提交详细的投诉材料，说明身份证被冒用的情况，并请求撤销相关登记或变更。

3. 向公安机关报案

   • 携带相关证据，前往当地公安机关报案，说明身份证被冒用持有公司股份的情况。
   • 配合警方的调查，提供必要的协助，以便警方能够依法立案侦查并追究相关人员的法律责任。

4. 向税务部门说明情况

   • 为防止因被冒用公司可能存在的税务问题而给自己带来麻烦，可以向当地税务部门说明情况。
   • 提供身份证被冒用的证据，请求税务部门核实情况并采取相应措施。

5. 寻求法律帮助

   • 咨询专业的律师或法律援助机构，获取法律建议和支持。
   • 在律师的帮助下，准备必要的法律文件，如起诉状、证据清单等，以便在必要时提起诉讼或参与其他法律程序。

6. 考虑提起行政诉讼或民事诉讼

   • 如果市场监督管理部门或其他相关部门未能恰当处理你的投诉，你可以在律师的帮助下提起行政诉讼。
   • 如果因身份证被冒用而遭受经济损失或名誉损害，你可以向法院提起民事诉讼，要求冒用者承担民事赔偿责任。

三、加强个人信息保护

• 增强个人信息保护意识，不要随意透露身份证等敏感信息。
• 定期检查个人信用报告和公司信息，及时发现并处理任何异常或问题。
• 如有必要，考虑更换身份证或采取其他措施来防止身份被再次冒用。

四、后续跟进与持续关注

• 保持与相关部门和律师的沟通，及时了解处理进展和结果。
• 根据需要，持续提供补充证据或信息以协助调查或诉讼。
• 关注涉事公司的动态和相关信息，以便及时采取必要的应对措施。

综上所述，面对身份证被冒用持有公司股份的情况，你应迅速采取行动，通过合法途径维护自己的权益。同时，加强个人信息保护意识，避免类似问题再次发生。