因买卖合同等欠款双方签订借款协议，逾期未付款后起诉的案由，主要根据双方实际发生的法律关系来确定。通常情况下，有以下两种可能：
买卖合同纠纷：
- 如果双方原本存在买卖合同关系，卖方已按约定交付货物，但买方未按时支付货款，后来虽然双方签订了借款协议，但实质上这是对原买卖合同中欠款的一种确认或转化形式。在这种情况下，起诉的案由仍应为“买卖合同纠纷”。因为双方的基础法律关系是买卖关系，欠款是基于买卖行为而产生的。
借款合同纠纷（或民间借贷纠纷，如果涉及自然人之间）：
- 如果双方原本不存在买卖合同关系，或者虽然存在买卖合同关系但欠款已经通过双方合意转化为独立的借款，并且签订了明确的借款协议，约定了借款金额、期限、利息等条款。在这种情况下，起诉的案由应为“借款合同纠纷”或“民间借贷纠纷”（如果涉及自然人之间）。因为此时双方的法律关系已经转化为借贷关系，欠款是基于借款行为而产生的。
综上所述，具体案由应根据双方实际发生的法律关系及合同内容来确定。如果你对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。