公司与员工协商一致后，在特定条件下仍可以申请劳动仲裁。关键在于协商解除的过程及协议内容是否存在法律瑕疵、未履行的争议事项，以及是否遵守了仲裁时效的规定。

1. 可以仲裁的情形：

   • 存在欺诈、胁迫或乘人之危：如果公司在与员工协商解除劳动合同时，采取了欺诈、胁迫或利用员工的困境迫使其签订解除协议，员工有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销该协议，恢复劳动关系，或要求公司支付相应的赔偿。
   • 协议内容存在重大误解或显失公平：如果协商解除的协议内容存在重大误解，或协议中的权利义务明显不对等、显失公平，员工可以在一定期限内申请仲裁，请求变更或撤销该协议。
   • 公司未履行协商内容：如果协商解除劳动合同后，公司未按照协议的内容履行相关义务，如未按时支付经济补偿金、加班工资或其他劳动报酬，员工可以通过仲裁来维护自己的权益，要求公司履行协议约定的义务。

2. 不可以仲裁的情形：

   • 如果协商解除劳动合同是双方真实意愿的体现，且协议内容符合法律规定，不存在上述可撤销或争议的情形，并且双方已经按照协议履行了各自的义务，那么员工再申请仲裁通常不会被支持。

3. 仲裁时效：

   • 根据相关法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工在发现自己的权益受到侵害时，应及时收集证据并在仲裁时效内提起仲裁申请。

在与公司协商解除劳动合同的过程中，员工应谨慎对待，确保自己的权益得到充分保障。如果对协商过程中的任何条款或条件有疑问或不确定因素，建议直接向我咨询以获取准确的法律建议和指导。如果认为自己的权益受到了侵害，应及时采取行动，包括收集证据、咨询律师，并在仲裁时效内向仲裁机构提起仲裁申请，以维护自己的合法权益。