已经跟公司协商离职了，仍然可以申请劳动仲裁，但具体情况需要分情况讨论：
如果离职协议中已经就离职补偿达成一致，且明确表示放弃其他权利，双方再无其他争议：
- 在这种情况下，虽然程序上仍然可以申请劳动仲裁，但仲裁可能会面临败诉的风险。因为实体上的权利已经视为双方达成一致，劳动者不能随意反悔。然而，如果劳动者有证据证明离职协议是在被胁迫、欺诈等情况下签订的，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么仲裁机构可能会支持劳动者的请求。
如果离职协议中未涉及某些劳动争议事项，或者劳动者认为协议内容不公平：
- 劳动者仍然有权就这些未解决的劳动争议事项申请劳动仲裁。例如，如果公司未按照法律规定支付经济补偿、拖欠工资、未依法缴纳社会保险等，劳动者都可以在仲裁时效内（一般为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算）向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出申请。
如果劳动者在离职前就存在未解决的劳动争议：
- 例如，未签订劳动合同、未购买社会保险等，这些争议并不因劳动者的离职而消失。劳动者仍然可以在仲裁时效内就这些争议事项申请劳动仲裁。
法律建议：
- 在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集与争议有关的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、离职协议等，以增强诉求的可信度。
- 劳动者应了解仲裁时效的相关规定，确保在时效内提出申请。一旦超期，若无正当理由，仲裁委可能不予受理。
- 如果对仲裁流程、所需材料以及可能出现的结果存在疑问，或者不确定自己的情况是否符合仲裁条件，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
可能的法律后果：
- 如果仲裁机构支持劳动者的请求，公司可能需要支付经济补偿、补发工资、补缴社会保险等。
- 如果仲裁机构不支持劳动者的请求，劳动者可能需要考虑是否进一步通过诉讼途径解决争议。但需要注意的是，诉讼途径通常更加耗时耗力，且结果具有不确定性。
总之，已经跟公司协商离职了并不意味着就不能再申请劳动仲裁。劳动者应根据自己的具体情况和仲裁时效的相关规定，谨慎决定是否申请仲裁，并尽可能收集相关证据以支持自己的诉求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。