公司付本公司法人居间费在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、居间费的合法性
居间费，又称中介费用，是指委托人委托居间人提供签订合同的机会，委托人在居间人撮合下签订合同的，委托人依照合同约定向居间人支付的报酬。根据《民法典》的规定，居间费用受到法律认可，是合法存在的。但居间活动的合法性取决于几个关键因素：
- 居间活动必须合法，不能违反法律强制性规定。
- 必须签订书面的居间合同，且居间行为需真实。
- 居间项目必须合法，如果居间事项促成签订的合同违反法律规定，则对应的居间合同无效，居间费不受法律保护。
二、公司付本公司法人居间费的特定情况
在公司付本公司法人居间费的情况下，需要特别注意以下几点以确保合法性：
- 居间行为的真实性：公司必须确保居间行为是真实发生的，而非虚构或为了掩盖其他非法行为。
- 合同的合法性：公司与法人之间签订的居间合同必须合法有效，且合同内容应明确双方的权利和义务。
- 税务处理：公司支付的居间费需要有发票，否则不允许税前扣除。同时，公司应依法为法人代扣代缴个人所得税。
三、可能的风险与注意事项
- 税务风险：如果公司未依法为法人代扣代缴个人所得税，或未保留完整的证据链（如居间合同、付款凭证、发票等），可能面临税务稽查和处罚。
- 法律风险：如果居间行为或合同存在违法情况，公司可能面临法律制裁和民事赔偿。
- 内部管理风险：公司应建立健全的财务管理制度，确保居间费用的支出合法合规，避免出现内部腐败或不当支付的情况。
综上所述，公司付本公司法人居间费在符合居间活动的合法性、合同的合法性以及税务处理等相关要求时是合法的。但公司在实际操作中应谨慎处理，确保所有行为均符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。