单位仅因员工合同丢失而与员工解除劳动关系协议是违法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 单位不能仅凭合同丢失就解除劳动关系

1. 合同丢失不影响劳动关系存在：劳动合同是证明劳动关系存在的重要文件，但并非唯一证据。即使合同丢失，只要双方实际上存在劳动关系，单位就不能仅凭此理由解除劳动关系。
2. 解除劳动关系需合法理由：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，单位解除劳动关系需要基于合法理由，如员工严重违反规章制度、不能胜任工作等。合同丢失并不属于这些合法理由之一。

二. 单位应承担合同保管责任

1. 单位有保管合同义务：作为劳动合同的一方，单位有义务妥善保管劳动合同。如果合同丢失，单位应承担相应的责任，而不是将责任转嫁给员工。
2. 不能因管理不善而损害员工权益：单位因自身管理不善导致合同丢失，不能以此为由损害员工的合法权益，包括解除劳动关系。

三. 员工权益保护

1. 员工有权要求继续履行劳动合同：如果单位仅凭合同丢失就解除劳动关系，员工有权要求单位继续履行劳动合同，或者要求单位支付经济补偿。
2. 员工可申请劳动仲裁：如果单位拒绝履行劳动合同或支付经济补偿，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

我建议：如果单位以合同丢失为由与你解除劳动关系，你可以向单位提出异议，要求单位继续履行劳动合同或支付经济补偿。如果单位拒绝，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。