针对您提出的历史遗留违法建筑进行处罚时的工程造价认定问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、违建罚款的工程造价认定原则

对违法建设行为处以罚款时，罚款基数通常是以新建、扩建、改建的存在违反城乡规划事实的建筑物、构筑物单体造价为准。这意味着，工程造价的认定是计算罚款金额的关键依据。

二、工程造价的认定方法

1. 工程计价要素：

   • 量：指工程项目的实物量，如建筑面积、材料用量等。
   • 价：指工程所需材料、设备、人工等的价格。
   • 费：包括企业管理费、措施费、规费、利润及税金等。

2. 工程造价内容：

   • 工程造价涵盖了建设项目的全部费用，从投资估算、设计概算到施工图预算、工程结算、竣工决算等各个阶段。
   • 在计算工程造价时，需要综合考虑直接费（如人工、材料、施工机具使用等）和间接费（如企业管理费、规费等）。

3. 具体认定步骤：

   • 首先，根据违法建筑的实际情况，确定其建设规模、结构类型、材料选用等。
   • 然后，参照当地定额、清单规范及市场价格信息，计算出该违法建筑的直接费和间接费。
   • 最后，汇总得出该违法建筑的总工程造价。

三、违章建筑的处罚规定

根据《中华人民共和国城乡规划法》第64条，对未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证规定进行建设的行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门将责令停止建设。对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，将限期改正并处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；对于无法采取改正措施消除影响的，将限期拆除或没收实物、违法收入，并可并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

四、特殊情况处理

• 如果违法建筑的工程造价难以直接确定，可能需要委托专业的中介机构进行评估。当事人可以自行选择市政府每年度公布的政府投资项目社会中介机构名录中的企业进行委托评估。

综上所述，历史遗留违法建筑进行处罚时的工程造价认定是一个综合考量多个因素的过程，需要依据相关法律法规和工程造价计算规范进行准确计算。希望以上解答能对您有所帮助。