在处理违法建设工程造价的确定问题时，这是一个既涉及法律规范又需要专业判断的复杂过程。以下是对此问题的详细解答：
一、工程造价认定的基本原则
合同优先原则：
- 如果违法建设项目存在合法有效的建设工程施工合同，且合同中明确约定了工程价款或计价方法，那么应首先参考合同约定的造价进行认定。这是基于双方自愿达成的协议具有法律约束力的原则。
法规指导原则：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可进行建设的项目，将依据整个建设工程的造价处以一定比例的罚款。这为我们提供了工程造价认定在法律框架内的基本标准。
专业评估与市场原则：
- 在无合同或合同约定不明的情况下，我们需要参照当地建设工程计价标准、定额及规范，或者委托有资质的机构进行市场价格评估，以确保工程造价的合理性和准确性。同时，也可以考虑类似工程的造价进行合理推算。
二、工程造价认定的具体方法
直接采用合同约定造价：
- 如果合同中明确约定了工程价款或计价方法，且该合同合法有效，那么我们可以直接采用合同中的造价作为认定依据。
参照当地计价标准或规范：
- 在无合同或合同约定不明的情况下，我们可以参照建设行政主管部门发布的建设工程计价标准、定额及计价规范，结合工程实际情况来计算工程造价。
委托市场价格评估：
- 通过委托专业机构进行现场勘查、市场询价等方式，我们可以综合确定违建工程的合理造价。这种方法更加客观、公正，能够反映市场的实际情况。
类似工程推算：
- 如果存在结构形式、规模大小、建设时间、地点等相近的已完工程，我们可以参照这些工程的造价进行适当调整后推算出违建工程的造价。这种方法在缺乏直接证据时具有一定的参考价值。
三、特殊情况的处理
整体与部分造价的区分：
- 一般情况下，罚款计算基数涉及整个建设工程的造价。但在某些可明确区分违法建设部分的项目中，虽然可能仅针对违法部分进行计算，但实践中通常仍按整体造价的一定比例来处罚。这是为了维护法律的严肃性和公平性。
临时建设的特殊处理：
- 对于未经批准或未按照批准内容进行建设的临时建筑，或超过批准期限不拆除的临时建筑，我们将责令限期拆除，并可并处临时建设工程造价一倍以下的罚款。这是针对临时建筑的特殊规定。
行政复议与诉讼权利：
- 如果当事人对违建罚款决定不服，他们有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，他们可以就工程造价认定标准提出异议并请求审查。这是保障当事人合法权益的重要途径。
四、总结与建议
综上所述，违法建设工程造价的确定是一个综合考虑多种因素的过程。在实际操作中，我们应严格遵循法律法规，并结合具体情况进行专业判断。为了确保认定的公正性、合理性和准确性，我建议：
- 在签订合同时尽可能明确工程造价的相关条款，以减少后续争议的发生。
- 在无合同或合同约定不明的情况下，及时委托有资质的机构进行市场价格评估或参照当地计价标准进行计算。
- 在处理特殊情况时，要充分考虑法律的严肃性和公平性，确保当事人的合法权益得到妥善维护。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。