违法建筑的认定及其处理是一个涉及多个法律层面和实际操作流程的复杂问题。以下是对此问题的详细分析：
一. 违法建筑的认定
认定主体与依据：
- 规划和自然资源部门负责城市、镇规划区内违反城乡规划的违法建设认定；乡镇人民政府则负责乡、村庄规划区内的认定工作。
- 认定依据主要包括《城乡规划法》《土地管理法》等法律法规，以及是否取得合法手续如建设工程规划许可证、乡村建设规划许可证等。
认定标准：
- 是否取得合法手续是判断的关键，如未取得建设工程规划许可证或未按照其规定进行建设，即视为违法。
- 占用土地的性质也是重要考量因素，非法占用土地或未经批准改变土地用途进行建设的，同样构成违法。
- 建设时间、建筑物的位置、高度、面积等是否符合城乡规划要求也是判断标准之一。
特殊情形：
- 对于历史遗留问题或形成于相关法律法规颁布实施之前的建筑，需结合当地政策和实际情况进行综合判断。
二. 违法建筑的处理
处理主体与方式：
- 处理主体与认定主体一致，由规划和自然资源部门或乡镇人民政府负责。
- 处理方式包括责令停止建设、限期改正、限期拆除、罚款、没收等。具体方式根据违法建筑的性质和情节轻重而定。
处理流程：
- 发现违法建设行为后，相关部门应立即采取措施责令停止建设，并进行调查取证。
- 根据调查结果，作出认定决定，并告知当事人陈述、申辩、听证等权利。
- 根据认定结果，采取相应的处理措施，如限期改正、限期拆除等，并依法执行。
注意事项：
- 在处理过程中，应充分听取当事人的陈述和申辩，保障其合法权益。
- 当事人对处理决定不服的，有权申请行政复议或提起行政诉讼。
- 对于历史遗留问题或复杂情况，应寻求专业法律意见，确保处理的合法性和合理性。
我建议在实际操作中，应严格遵循法律法规的规定，确保违法建筑的认定和处理工作公正、公平、公开。同时，通过加大宣传力度、加强执法力度、完善规划管理等多措并举，有效遏制违法建设行为的发生，维护城乡规划秩序和公共利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。