在诉讼过程中，如果被告公司申请审计，经审查对审计申请不予准许，法院应当出具书面裁定。以下是详细的分析：

首先，从诉讼程序的角度来看，法院在审查被告公司的审计申请后，无论是否准许，都应当作出明确的裁定。这是因为，裁定是法院在诉讼过程中，对有关诉讼事项所作出的具有法律效力的决定。它对于明确诉讼程序的方向、保障当事人的诉讼权利具有重要意义。

其次，出具书面裁定有助于确保诉讼的公正性和透明度。书面裁定能够清晰地记录法院的决定及其理由，使当事人能够了解法院的判断依据，从而增强对诉讼结果的接受度。同时，书面裁定也为后续的诉讼活动提供了明确的依据，避免了因口头裁定可能产生的歧义或误解。

最后，从法律实践的角度来看，法院在审查类似申请时，通常会出具书面裁定。这不仅符合诉讼程序的要求，也是法院行使审判权、履行审判职责的具体体现。

综上所述，在诉讼过程中，如果被告公司申请审计，经审查对审计申请不予准许，法院应当出具书面裁定。这一裁定应当明确、具体地阐述法院的决定及其理由，以确保诉讼的公正性、透明度和当事人的合法权益。如果你对此类问题或其他公司法务问题有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。