员工不肯填离职单但发了离职证明，并不直接等同于他自己离职。这个问题需要从以下几个方面来详细分析：

1. 自动离职的定义：

   • 自动离职通常指的是员工擅自离岗，且无正当理由、超过规定期限未返岗的情况。
   • 员工不肯填离职单，并不构成擅自离岗或无正当理由未返岗，因此不能直接认定为自动离职。

2. 离职证明的性质：

   • 离职证明是用人单位在解除或终止劳动合同时应出具的一份文件，用于证明员工与用人单位之间的劳动关系已经解除或终止。
   • 员工不签离职证明，可能是对内容有异议或不想签字，但这并不等同于员工主动擅自离岗或自动离职。

3. 法律后果：

   • 如果用人单位以员工不签离职证明为由认定其自动离职，并据此停止缴纳社保、发放工资等，可能构成违法解除劳动合同，员工有权要求用人单位支付赔偿金。

4. 实际情况的考量：

   • 在实际操作中，需要综合考虑员工不肯填离职单的具体原因、用人单位的规章制度以及双方之间的劳动合同约定等因素。
   • 如果员工对离职证明的内容有异议，用人单位应与其进行协商，确保离职证明的内容真实、准确、无误。

综上所述，员工不肯填离职单但发了离职证明，并不直接等同于他自己离职。用人单位在处理此类情况时，应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。同时，员工也应积极配合用人单位的离职手续办理工作，确保双方之间的劳动关系能够顺利解除或终止。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。