公司关闭但员工仍在医疗期内，公司应当继续支付员工的医疗期工资，并且按照法律规定处理员工的劳动关系。具体分析如下：

1. 医疗期工资支付：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工在医疗期内，公司应当继续支付其医疗期工资，通常按照员工原工资的一定比例（如不低于最低工资标准的80%）支付。
   • 即使公司面临关闭，这一法律义务仍然存在，直至员工医疗期满或者双方依法解除劳动关系。

2. 劳动关系处理：

   • 若公司因经营不善等原因需要关闭，应当提前通知员工，并按照法律规定进行经济补偿。
   • 对于仍在医疗期内的员工，公司应当与其协商处理劳动关系，可以协商解除劳动合同，并按照员工在公司的工作年限和医疗期情况支付相应的经济补偿金。
   • 若员工因医疗期未满无法立即解除劳动合同，公司应当继续支付医疗期工资，直至医疗期满或者双方达成解除劳动合同的协议。

3. 特殊情况处理：

   • 若公司关闭是因为破产、解散等法定事由，且员工医疗期未满，公司应当按照破产、解散等法律规定处理员工的劳动关系和医疗期工资支付问题。
   • 在这种情况下，员工可能会面临更复杂的法律程序，如参与破产清算、债权申报等，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司关闭但员工仍在医疗期内时，公司应当继续支付医疗期工资，并按照法律规定处理员工的劳动关系。若双方无法协商一致，员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。