公司通常不应长期保留员工毕业证原件，但在特定情况下有权查验或要求员工提供毕业证相关资料。以下是对这一问题的详细分析：
一. 公司不应长期保留毕业证原件
- 毕业证的重要性：毕业证是员工个人的重要学历证明文件，具有独一无二的性质，且通常不可补办。因此，从保护员工个人财产权和隐私权的角度出发，公司不应长期保留毕业证原件。
二. 公司查验或要求提供毕业证相关资料的合理情形
入职环节查验：
- 目的：为核实员工学历的真实性，确保招聘的公正性和准确性。
- 操作：公司有权在入职环节要求员工提供毕业证原件以供查验。但查验完成后，应立即归还毕业证原件给员工，不得无故扣留。
特殊资质申报需求：
- 情形：在某些特定情况下，如项目需要、资质评定等，公司可能需要员工毕业证原件作为申报材料。
- 建议：此时，员工应与公司签订明确的协议，约定使用目的、归还时间等关键条款，以确保自身权益不受侵害。同时，员工也可以考虑提供毕业证复印件或经过公证的学历证明，以减少原件丢失或损坏的风险。
三. 员工的权利与应对措施
- 拒绝权：如果公司强行要求员工长期上交毕业证原件，员工有权明确拒绝。
- 维权途径：若公司因员工拒绝上交毕业证原件而对其进行不合理的处理，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
总结：公司通常不应长期保留员工毕业证原件，但在入职环节查验或特殊资质申报时，有权要求员工提供毕业证相关资料。员工应了解自己的权利与应对措施，以便在必要时维护自己的合法权益。同时，公司也应尊重员工的个人财产权和隐私权，合理、合法地使用员工的毕业证相关资料。