试用期部门主管同意转正但上级经理不同意，应根据公司具体的转正流程和规定来处理，并积极沟通协商。

一. 分析公司转正流程

1. 查看公司规章制度：首先，应详细查阅公司的员工手册或相关规章制度，了解试用期转正的具体流程和决策层级。这有助于明确在转正决策中，部门主管和上级经理各自的权重和决策权。
2. 识别决策关键人：根据公司规定，确定在转正决策中起决定性作用的人员或部门。如果上级经理的决策具有最终性，那么需要重点与其进行沟通。

二. 积极沟通协商

1. 与部门主管沟通：了解部门主管同意转正的具体理由和依据，以及他/她是否愿意进一步与上级经理沟通，以争取转正的机会。
2. 与上级经理沟通：明确上级经理不同意转正的具体原因，是工作表现、能力匹配度，还是其他方面的考量。针对这些原因，准备充分的材料和论据进行说明和反驳。
3. 寻求共同解决方案：在沟通过程中，尝试与上级经理探讨是否有其他解决方案或替代方案，以满足双方的期望和需求。

三. 遵循公司决策

1. 尊重公司决定：如果经过充分沟通和协商，公司仍然决定不予转正，应尊重公司的决定，并按照公司规定办理相关手续。
2. 准备后续计划：根据公司的决定，制定个人的后续发展计划，包括是否继续在公司内部寻求其他机会，或者考虑外部的职业发展。

我建议，在整个过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的处理。同时，也可以考虑咨询公司内部的人力资源部门或相关法务人员，以获取更专业的建议和支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。