在行政诉讼案件中，法院判决撤销行政行为所依据的“主要证据不足”是指支撑该行政行为的关键证据缺失或不能充分证明行为合法性，而不仅仅是整个案件的所有证据。具体来说：

1. 主要证据的定义：

   • 主要证据是指对行政行为的定性、处理结果具有决定性影响的证据。
   • 它是行政行为必不可少的依据，如果缺失或不足以支撑行政行为的合法性，则构成“主要证据不足”。

2. 主要证据不足的表现形式：

   • 行政行为认定的责任主体证据错误或缺失，如将已注销的企业作为处罚对象。
   • 行政行为所依据的应责性事实没有证据或证据缺失，导致事实不清。
   • 行政行为所认定的主要证据材料缺乏真实性、合法性、关联性中的任一特性。

3. 法律后果：

   • 当行政行为被认定为“主要证据不足”时，法院将判决撤销该行政行为。
   • 撤销判决可以是对整个行政行为的撤销，也可以是对部分行政行为的撤销，并可能责令行政机关重新作出行政行为。

4. 实际案例：

   • 例如，某市卫生局认定某医院销售假药并决定罚款，但未提供充分证据证明医院销售了多少假药及非法获利情况，此处罚决定即可能因“主要证据不足”而被法院撤销。

综上所述，在行政诉讼案件中，“主要证据不足”是法院判决撤销行政行为的重要依据之一。它关注的是支撑行政行为合法性的关键证据是否充分、有效。如果你在此类案件中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。