制造假货的员工工资是否会被扣，这主要取决于具体的公司规定、劳动合同内容以及法律法规的适用情况。

首先，从公司规定和劳动合同的角度来看，如果公司在员工手册、劳动合同或相关规章制度中明确规定了员工制造假货将扣除工资作为惩罚措施，那么公司有权按照这些规定执行。这种情况下，员工工资被扣是合理的，也是符合双方约定的。

其次，从法律法规的角度来看，制造假货是违法行为，不仅可能损害公司的声誉和利益，还可能触犯刑法，构成犯罪。然而，关于工资扣除的法律规定，通常涉及的是员工是否提供了正常劳动以及公司是否按时足额支付工资。对于员工因违法行为导致的工资扣除，法律并未作出明确规定。因此，在这种情况下，公司是否需要扣除员工工资，以及扣除的数额和方式，都需要根据具体情况进行权衡和判断。

总的来说，如果公司在规章制度或劳动合同中明确规定了相关惩罚措施，且这些措施不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照约定扣除员工工资。但如果没有明确规定，或者规定与法律法规相冲突，那么公司就不能随意扣除员工工资。同时，无论是否扣除工资，公司都应该积极采取措施防止员工制造假货等违法行为的发生，并依法维护自身的合法权益。

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