超市对业主单位员工打折本身并不构成违法行为，这通常被视为一种员工福利或激励策略。然而，在处理此类问题时，超市需要关注以下几点，以确保合法合规：

1. 折扣政策的合理性：折扣的设定应基于合理的商业考虑和内部规章制度，避免构成不当竞争。若折扣导致产品价格严重低于成本，且有意排挤竞争对手，则可能违反相关竞争法规。
2. 内部规章制度的完善：超市应制定明确的员工折扣政策，并确保该政策内容合法、制定程序民主且已向员工公示。这样，在处理员工私自打折等问题时，超市可以依据内部规章制度进行处理。
3. 避免非法交易或财务欺诈：特惠员工折扣不应被用于掩饰非法交易或财务欺诈等行为。超市应建立健全的内部控制机制，确保员工折扣政策的合法合规执行。

综上所述，超市对业主单位员工打折本身并不违法，但超市需要确保折扣政策的合理性、完善内部规章制度，并避免涉及非法交易或财务欺诈等行为。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，您可以直接向我咨询。