当单位不慎将您的特殊工种工资单丢失时，您可以按照以下步骤来处理这个问题：

首先，不要慌张，尽量从其他方面入手，查找能证明您从事特殊工种的相关材料。这些材料可能包括：

1. 财务凭证：单位财务部门可能保留了特殊工种补贴的发放记录，这些记录可以作为您从事特殊工种的有力证据。
2. 考勤记录：特殊工种的出勤情况可能与其他工种有所不同，考勤记录中或许能反映出这一点。
3. 工作证与岗位责任书：如果您的工作证上注明了特殊工种岗位，或者您有岗位责任书明确您的工作职责和岗位性质，这些都是非常重要的证明。
4. 同事证言：您的同事可能了解您的工作情况，他们的证言也能辅助证明您从事的是特殊工种。

接下来，您应该主动与单位沟通，说明情况，并要求单位配合您补办工资单或开具相关证明文件，详细阐述您曾从事特殊工种的事实。如果单位态度积极并愿意协助您解决问题，那么问题可能会相对容易解决。

然而，如果单位态度消极或拒绝配合，您可以采取以下措施：

1. 向上级主管部门反映：您可以向单位的上级主管部门反映情况，请求他们协调解决。
2. 向劳动监察部门投诉：如果上级主管部门无法解决问题，您可以向当地劳动监察部门投诉，由他们责令单位提供相关证明。
3. 申请劳动仲裁：如果以上途径都无法解决问题，您可以收集其他能证明您从事特殊工种的证据（如工作成果记录、培训证书等），然后向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律手段来维护自己的权益。

总之，面对特殊工种工资单丢失的问题，您应该保持冷静，积极寻找证据，并与单位、上级主管部门、劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会等相关机构进行沟通与协商，以寻求最合适的解决方案。