仅仅在公司系统内申请离职流程，并不算正式离职。下面我为您详细解释：

依照我国《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者需要以书面形式提前告知雇主，并确保顺利地完成所有工作交接及其它必需的离职手续后，方能真正终止与公司之间的用工协议。因此，尽管您已经在公司系统内申请了离职流程，但这只是表达了您希望离开公司的意向，离职程序尚未完全结束。

具体来说，离职流程通常包括以下几个步骤：

1. 提交书面离职申请：这是正式表达离职意愿的第一步，需要明确离职的原因和离职的日期。
2. 工作交接：在离职前，您需要与接替您工作的同事或上级进行工作交接，确保工作的连续性和完整性。
3. 办理离职手续：这包括结算工资、福利、社保等，以及归还公司财物、注销公司账号等。
4. 离职证明：完成上述步骤后，公司会给您出具离职证明，证明您已经与公司解除了劳动关系。

只有完成了上述所有步骤，才能算是正式离职。如果您在离职过程中遇到任何问题或纠纷，可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助和建议。