针对部门长期绩效低的问题，可以从以下几个方面来系统性地处理和提升：

一、深入诊断，找出绩效低下的原因

首先，要对部门绩效进行深入的评估和分析，找出导致绩效低下的具体原因。这可能涉及多个方面，如工作流程不合理、员工技能不足、资源配置不当、目标设定不明确或激励机制不健全等。

二、强化绩效管理理念与文化

1. 提升认知：加强预算绩效管理的宣传和培训，确保部门员工充分认识到绩效管理的重要性，并牢固树立“花钱必问效、无效必问责”的理念。
2. 完善制度：建立健全预算绩效管理制度，明确绩效管理的主体责任，将预算绩效管理与部门财务管理、业务管理、资产管理等紧密结合，形成协同效应。
3. 构建长效机制：将预算绩效理念和方法深度融入预算编制、执行、监督和决算全过程，构建事前、事中、事后“三位一体”的绩效管理闭合链条。

三、优化绩效目标与指标体系

1. 合理设定目标：根据部门职责和实际情况，科学合理地设定绩效目标，确保目标具有可衡量性、可达成性、相关性和时限性。
2. 完善指标体系：构建全面、细致、量化的绩效指标体系，以客观反映绩效结果特征，充分衡量绩效目标的实现程度。同时，建立指标动态更新机制，确保指标符合实际需求。

四、加强绩效运行监控与反馈

1. 实施双监控：对绩效目标实现程度和预算执行进度实行“双监控”，及时发现并纠正偏差，确保绩效目标如期实现。
2. 强化反馈机制：建立有效的绩效反馈机制，定期向部门员工和领导层报告绩效监控结果，以便及时调整策略和改进工作。

五、深化绩效结果运用与激励

1. 严格绩效评价：引入第三方独立评价机构，确保绩效评价的客观性和公正性。同时，将绩效评价结果与预算安排、政策调整、员工奖惩等紧密挂钩。
2. 强化激励约束：对绩效评价结果较好的部门和员工给予奖励和激励，对绩效较差的则采取督促改进、调整岗位或降低薪酬等措施。通过奖优罚劣，激发部门和员工的积极性和创造力。

六、探索智能化绩效管理手段

利用现代信息技术手段，如大数据、人工智能等，构建“智慧绩效审计”平台，实现绩效目标偏差自动预警、执行进度实时跟踪、评价结果智能分析等功能，提高绩效管理的效率和准确性。

综上所述，处理部门长期绩效低的问题需要从多个方面入手，通过系统性的改进和优化来提升部门绩效。这需要部门领导层的重视和支持，以及全体员工的共同努力和配合。