内审机构设置不合理，可能违反了《广东省内部审计工作规定》以及《审计署关于内部审计工作的规定》中的相关条款。

首先，《广东省内部审计工作规定》明确指出，单位应当依照有关法律、法规、规章以及国家和本省有关规定，结合本单位实际情况，建立健全内部审计制度，并明确内部审计工作的领导体制、机构设置、人员配备、经费保障、职责权限、审计程序、审计结果运用和责任追究等。这意味着，如果内审机构设置不合理，如缺失或未规范设立，就可能违反了这一规定中对于机构设置的要求。

其次，《审计署关于内部审计工作的规定》也强调，国家机关、事业单位、社会团体等单位的内部审计机构或者履行内部审计职责的内设机构，应当在本单位党组织、主要负责人的直接领导下开展内部审计工作。这一规定进一步明确了内审机构应在单位内部有明确的领导体制和设置要求。如果内审机构设置不合理，也可能违反了这一规定中关于内审机构应在单位党组织或主要负责人领导下开展工作的要求。

综上所述，内审机构设置不合理可能违反了上述两项规定中关于内部审计机构设置和领导体制的要求。因此，各单位应严格按照相关规定，结合本单位实际情况，合理设置内审机构，并确保其在本单位党组织或主要负责人的直接领导下开展工作，以充分发挥内部审计的作用。