劳务派遣证的违法所得，通常是通过计算未经许可擅自经营劳务派遣业务所获得的全部收入，扣除相应的直接成本后得出。具体分析如下：
一. 违法所得的计算方法
收入确认：首先，需要确定未经许可擅自经营劳务派遣业务所获得的全部收入。这包括但不限于，通过劳务派遣业务收取的服务费、管理费、中介费等。
成本扣除：在确认收入后，应扣除与该业务直接相关的成本支出。这些成本通常包括但不限于，支付给被派遣劳动者的工资、社会保险费用、必要的管理费用等。但需要注意的是，这里的成本扣除应仅限于直接成本，不应包括间接成本或利润。
计算违法所得：将收入减去直接成本后，得到的数额即为违法所得。
二. 法律后果
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十二条第一款以及《劳务派遣行政许可实施办法》第三十一条的规定，未经许可，擅自经营劳务派遣业务的，由劳动行政部门或人力资源社会保障行政部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处违法所得一倍以上五倍以下的罚款；没有违法所得的，可以处五万元以下的罚款。
综上所述，劳务派遣证的违法所得是通过计算未经许可擅自经营劳务派遣业务的全部收入，并扣除直接成本后得出的。对于此类违法行为，法律有明确的处罚规定。我建议相关单位和个人应严格遵守法律法规，避免违法经营带来的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。