员工辞职的主要原因在于，公司扣钱可能违反了法律规定或损害了员工的合法权益。下面我将从法律角度对此进行详细分析：

一. 公司扣钱的合法性分析

1. 劳动合同约定：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司扣钱未按照劳动合同约定或国家规定进行，员工有权提出异议。
2. 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。除非有法定代扣代缴情形（如个人所得税、社会保险费等），否则公司无权随意扣钱。

二. 员工权益受损

1. 经济压力：工资是员工的主要经济来源，公司扣钱会直接影响员工的经济状况，增加其经济压力。
2. 信任破裂：公司无故扣钱会破坏员工对公司的信任，使员工感到被不公平对待。
3. 职业发展考量：员工可能会认为公司管理不规范，担心未来会有更多不合理的扣款，从而影响其职业发展。

三. 法律后果与员工选择

1. 法律维权：员工可以依据《劳动合同法》等相关法律法规，向公司提出异议，要求恢复工资待遇或进行经济补偿。如果公司拒绝改正，员工还可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
2. 辞职：面对公司的不合理扣款，员工可能会选择辞职，以维护自己的合法权益。辞职后，员工可以寻找更加规范、待遇更好的工作机会。

综上所述，公司扣钱可能违反了法律规定或损害了员工的合法权益，这是导致员工辞职的主要原因。我建议公司应严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性，以维护员工的合法权益和公司的稳定发展。同时，员工在遭遇不合理扣款时，也应积极维护自己的权益，必要时可寻求法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。