首先，我们来明确一下问题的核心：店长超假底薪怎么处理。这个问题涉及到劳动法中关于员工休假与薪酬管理的规定。
结论前置：店长超假底薪的处理方式，主要取决于公司的规章制度、劳动合同以及劳动法的相关规定。一般来说，如果店长超假未经过公司批准，公司有权按照规章制度扣减其底薪或采取其他相应措施。但如果超假是出于特殊原因且得到了公司的批准，那么底薪的处理方式就需要根据公司政策来定了。
接下来，我们从几个角度详细分析这个问题：
公司规章制度：
- 大多数公司都会有明确的休假制度和薪酬管理规定，对于超假的情况，这些制度通常会规定相应的处理措施，如扣减底薪、记为旷工等。
- 因此，首先建议查阅公司的规章制度，了解超假底薪的具体处理方式。
劳动合同：
- 劳动合同是员工与公司之间的重要约定，其中也会涉及休假和薪酬的相关条款。
- 如果劳动合同中有关于超假底薪的特别约定，那么应当按照劳动合同的约定来处理。
劳动法规定：
- 劳动法对于员工的休假权益和薪酬保障有明确规定，但并未直接涉及超假底薪的处理。
- 然而，劳动法强调了公司应当建立健全的规章制度，保障员工的合法权益，因此公司在处理超假底薪时，应当遵循劳动法的精神和原则，确保处理方式的合法性和合理性。
特殊情况处理：
- 如果店长超假是由于特殊原因（如突发疾病、家庭紧急事务等）且得到了公司的批准，那么公司可能会考虑人性化处理，不扣减底薪或采取其他灵活措施。
- 但这种情况下，具体处理方式还是需要根据公司政策和实际情况来定。
综上所述，店长超假底薪的处理方式是一个综合考量的问题，需要依据公司的规章制度、劳动合同以及劳动法的相关规定来综合判断。如果你在这方面有具体的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。