结论前置：在房屋有买卖协议但未过户的情况下，卖方擅自将房屋抵押是不合法的。

详细分析：

1. 买卖合同效力：首先，房屋买卖协议一旦签订，即具有法律效力。买卖双方应当按照协议约定履行各自的义务，包括办理房屋过户手续。

2. 物权变动原则：根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。在房屋买卖中，过户登记是房屋所有权转移的必要条件。未办理过户登记，买方不能取得房屋的所有权。

3. 卖方抵押行为的合法性：在房屋买卖协议未履行完毕，即房屋未过户给买方的情况下，卖方仍然享有房屋的所有权。然而，卖方在明知已与买方签订买卖协议的情况下，擅自将房屋抵押给第三方，违反了诚实信用原则，也损害了买方的合法权益。

4. 法律后果：

   • 对于买方：可以依据房屋买卖协议向卖方主张违约责任，要求卖方继续履行合同、赔偿损失或承担其他违约责任。
   • 对于卖方：其行为可能构成违约，需要承担相应的法律责任。同时，如果抵押行为导致买方无法取得房屋所有权，卖方还可能面临更严重的法律后果。
   • 对于抵押权人：如果抵押权人在不知情的情况下接受了抵押，其抵押权可能因卖方的违约行为而受到影响。在这种情况下，抵押权人可以向卖方主张权利，但不得损害买方的合法权益。

建议：

• 买方应尽快与卖方协商，要求卖方履行房屋买卖协议，办理过户手续。
• 如果卖方拒绝履行协议，买方可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 在签订房屋买卖协议时，双方应明确约定违约责任和争议解决方式，以减少纠纷的发生。

总之，房屋有买卖协议但未过户时，卖方擅自将房屋抵押是不合法的。买方应尽快采取措施维护自己的权益，必要时可寻求法律帮助。