在职人员侵占公司款项，既可以通过刑事处理，也可以通过民事处理，两者并不冲突。具体分析如下：

1. 刑事处理：

   • 职务侵占罪：在职人员侵占公司款项，如果数额较大，且符合职务侵占罪的构成要件，那么公司可以收集相关证据，如款项往来记录、视听资料等，向公安机关报案。警方立案后会进行侦查，若罪名成立，涉事员工会受到刑事处罚。
   • 法律程序：刑事处理需要遵循严格的法律程序，包括报案、立案、侦查、起诉、审判等阶段。公司应积极配合司法机关的工作，提供必要的证据和协助。

2. 民事处理：

   • 民事诉讼：除了刑事处理外，公司还可以通过民事诉讼要求侵占款项的员工返还款项及利息。这需要在法院提起民事诉讼，并提供相关证据证明员工的侵占行为。
   • 刑事附带民事诉讼：在刑事诉讼过程中，公司也可以提起附带民事诉讼，要求员工赔偿因侵占行为给公司造成的经济损失。

3. 综合建议：

   • 证据收集：无论是刑事处理还是民事处理，证据都是关键。公司应尽可能收集全面、客观的证据，以支持自己的主张。
   • 法律咨询：在处理此类问题时，公司可以寻求专业律师的法律咨询和帮助，以确保自己的权益得到充分保护。
   • 程序合规：在处理过程中，公司应严格遵守法律程序，避免因程序不当而影响处理结果。

综上所述，在职人员侵占公司款项既可以通过刑事处理追究其刑事责任，也可以通过民事处理要求其返还款项及利息。公司应根据具体情况选择合适的处理方式，并积极配合司法机关的工作，以维护自己的合法权益。