首先，我们来明确一下问题的核心：国有企业三级公司部门经理在个人档案里没体现管理岗，单位让50周岁办理退休，这一做法是否合理。

1. 关于退休年龄的确定：

   • 通常，国家对于退休年龄有明确的法律规定，一般男性为60周岁，女性（非管理岗位）为50周岁或55周岁，具体依据个人情况和单位性质而定。
   • 对于管理岗位的女性员工，退休年龄往往会有所延迟，与男性相近或相同。

2. 关于个人档案与管理岗的认定：

   • 个人档案是记录个人工作经历、职务等重要信息的官方文件，对于确定员工的岗位性质、退休年龄等具有关键作用。
   • 如果部门经理的岗位性质在管理岗上，但个人档案中未予体现，这可能是由于档案管理不善或更新不及时导致的。

3. 单位让50周岁退休的合理性分析：

   • 如果该部门经理确实属于管理岗位，且按照国家规定应延迟退休，那么单位让其50周岁退休是不合理的。
   • 反之，如果该部门经理并不属于管理岗位，或者单位有特别规定（需符合法律规定）允许在此年龄退休，那么单位的做法可能是合理的。

4. 建议与措施：

   • 首先，建议该部门经理查阅相关法律法规，明确自己的退休年龄和岗位性质。
   • 其次，与单位人事部门沟通，了解退休政策的依据和具体执行情况，要求单位提供明确的解释和依据。
   • 如果确实存在不合理之处，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，比如咨询律师或提起劳动仲裁等。

综上所述，单位让50周岁办理退休的合理性取决于该部门经理的岗位性质以及单位的具体规定。如果该部门经理对此有疑问或不满，建议及时与我沟通，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和支持。