员工不遵守上下班时间，公司可以依据规章制度进行管理和处理，但应确保处理措施合法、合理。

一. 明确规章制度

1. 公司应首先确保有明确且合法的规章制度，其中应详细规定上下班时间、考勤管理制度以及违反这些规定的处理措施。这些规章制度不仅要符合法律法规，还需通过合法程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并公示或告知劳动者。

2. 例如，规章制度中可以规定，员工迟到或早退累计达到一定次数，将给予警告、罚款或解除劳动合同等处理。

二. 实施管理

1. 考勤记录：公司应建立完善的考勤管理制度，准确记录员工的上下班时间，作为管理依据。

2. 及时处理：一旦发现员工不遵守上下班时间，公司应及时进行处理，按照规章制度给予相应的处罚或警告，并告知员工处理结果及依据。

三. 依法处理

1. 依据规章制度：公司处理员工不遵守上下班时间的行为时，必须严格依据规章制度进行，确保处理措施的合法性。

2. 避免任意性：处理过程中应避免任意性，不得随意更改处理措施或加重处罚，以免引发劳动争议。

3. 严重情况：如果员工的行为严重违反了公司的规章制度，如长期无故旷工、严重迟到早退等，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，解除劳动合同。但在此之前，应确保已按照规章制度给予了员工相应的处理，并保留了充分的证据。

四. 注意事项

1. 沟通教育：在处理员工不遵守上下班时间的问题时，公司也可以考虑与员工进行沟通教育，了解其迟到早退的原因，帮助其改正行为。

2. 避免纠纷：处理过程中应尽量避免引发劳动争议，如果员工对处理结果有异议，公司应耐心解释，并指出处理依据。

我建议，公司在处理员工不遵守上下班时间的问题时，应依法依规进行，确保处理措施的合法性和合理性。同时，也应注重与员工的沟通教育，帮助其改正行为，维护良好的工作秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。