员工上班下班未在刷卡登记，用人单位可结合规章制度及实际情况作出相应处理，但不能因此直接侵犯员工的合法权益。针对此问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 规章制度的重要性

1. 公司规定：首先，用人单位应当有明确的考勤管理制度，规定员工上下班需刷卡登记。这是管理员工、确保工作秩序的基础。
2. 制度执行：若员工未遵守刷卡登记制度，用人单位应依据规章制度进行处理，如警告、罚款或视为旷工等。但处理措施需合理且符合法律规定，不能侵犯员工的合法权益。

二. 未刷卡登记的处理

1. 核实情况：用人单位应首先核实员工未刷卡登记的具体原因，如是否因设备故障、紧急事务或其他合理原因未能及时刷卡。
2. 灵活处理：根据核实情况，用人单位可灵活处理，如对于因设备故障导致的未刷卡，可要求员工提供其他证明（如同事证明、监控录像等）来确认其上下班时间。
3. 避免一刀切：不应直接因员工未刷卡登记就视为旷工或采取其他严厉措施，而应结合实际情况进行合理判断和处理。

三. 法律风险的防范

1. 合法合规：用人单位在处理员工未刷卡登记问题时，应确保处理措施合法合规，不违反相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。
2. 证据留存：对于员工的考勤记录、未刷卡原因及处理措施等，用人单位应做好证据留存工作，以备后续可能发生的争议或纠纷。

我建议：用人单位应完善考勤管理制度，明确刷卡登记的要求及未刷卡的处理措施。同时，在处理员工未刷卡登记问题时，应秉持公平、公正的原则，结合实际情况进行合理判断和处理，避免直接侵犯员工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。