当员工恶意仲裁公司时，公司如何处理赔偿问题是一个复杂且需要细致操作的过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、明确“恶意仲裁”的定义与证据收集
首先，公司需要明确什么是“恶意仲裁”。通常，恶意仲裁指的是员工基于虚构的事实、隐瞒真相或提供虚假证据等行为，故意提起仲裁以获取不当利益。为了应对这种情况，公司必须积极收集证据，以证明员工的“恶意”。这些证据可以包括员工虚构事实的行为材料、伪造或篡改的证据、以及体现其主观恶意的聊天记录等。
二、应对仲裁裁决与提起诉讼
仲裁裁决的应对：
- 如果仲裁裁决要求公司向员工支付赔偿，而公司能证实这是基于恶意仲裁作出的，公司有权在仲裁或后续诉讼中主张员工承担因其恶意行为造成的损失赔偿。
- 若仲裁裁决错误，公司应在法定期限内向有管辖权的法院提起诉讼，请求纠正裁决。
提起诉讼：
- 在收集到充分证据后，公司可以向法院提起诉讼，要求员工赔偿因恶意仲裁给公司造成的经济损失，包括仲裁费用、律师费用、商业信誉损失等。
- 诉讼过程中，公司需要提交充分的证据来支持其主张，并阐述员工恶意仲裁的具体事实和给公司造成的损害。
三、维护公司权益与索赔
维护公司声誉：
- 恶意仲裁可能会对公司的声誉造成损害。因此，公司需要积极采取措施来维护其声誉，如通过媒体发布声明、与客户和合作伙伴沟通等。
索赔流程：
- 在确认员工存在恶意仲裁行为后，公司应首先尝试与员工进行协商，寻求和解或赔偿。
- 如果协商不成，公司可以依据《中华人民共和国民法典》中的侵权责任规定，向法院提起诉讼，要求员工赔偿损失。
四、预防措施与建议
加强内部管理：
- 公司应建立健全的内部管理制度，确保员工的合法权益得到保障，同时防止员工利用仲裁制度进行恶意行为。
提高法律意识：
- 公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，让员工了解恶意仲裁的法律后果。
建立应对机制：
- 公司应建立应对恶意仲裁的专门机制，包括设立专门的法务团队或外部法律顾问，以便在发生恶意仲裁时能够迅速、有效地应对。
综上所述，员工恶意仲裁公司时，公司需要积极收集证据、应对仲裁裁决、提起诉讼以维护自身权益，并采取相应的预防措施来避免类似情况的再次发生。