让员工虚开发票来发放补贴是违法的行为。这个问题需要从税法和劳动法两个角度来分析。

从税法角度来看：

虚开发票是违反税收征管法规的行为。发票是记录经济交易的重要凭证，也是税收管理的基础。如果企业让员工虚开发票来套取补贴，这实际上是在伪造经济交易，进而逃避税收。这种行为不仅会导致企业面临税务部门的处罚，如罚款、补缴税款、加收滞纳金等，还可能触犯刑法中的相关规定，如虚开增值税专用发票罪等。

从劳动法角度来看：

企业以虚开发票的方式给员工发放补贴，也违反了劳动法的相关规定。员工的薪资和福利应该通过正规的渠道和方式发放，而不是通过虚开发票这种违法手段。这种方式实际上是在逃避企业应承担的薪资支付和社保缴纳责任，损害了员工的合法权益，也破坏了正常的劳动秩序。

特殊情况说明：

虽然一般情况下让员工虚开发票发补贴是违法的，但如果企业有明确的财务规章制度，并且在特定业务环境中，员工因实际业务开支需要开具发票并获得相应补贴，且这一操作符合财务与税务规定，那么这种情况下可能是合法的。但这需要企业有严格的内部控制和审核机制，确保每一笔补贴的发放都是基于真实的业务开支。

总结与建议：

综上所述，让员工虚开发票来发放补贴是违法的行为，不仅违反了税法和劳动法，还可能触犯刑法。企业应该遵守相关法律法规，通过正规的渠道和方式给员工发放薪资和福利。如果企业有特殊的业务需求，需要员工开具发票并获得补贴，那么应该制定明确的财务规章制度，并确保这一操作符合财务与税务规定。同时，企业也应该加强内部控制和审核机制，防止员工或管理人员利用虚开发票等违法手段谋取私利。