关于劳动仲裁后社保公积金基数补齐，已缴纳的个人所得税是否会退税的问题，这需要根据具体情况来分析。
如果社保公积金基数的调整导致了您之前年度的应纳税所得额发生变化：在年度汇算清缴时，您可以根据调整后的实际情况，重新计算应纳税所得额，并据此向税务机关申请退税或补税。具体来说，如果调整后的应纳税所得额减少，您可能有权申请退还之前多缴的个人所得税；反之，如果增加，则可能需要补缴相应的税款。
如果社保公积金基数的调整并未影响您之前年度的应纳税所得额：那么，已缴纳的个人所得税就不会因此而产生退税的情况。在这种情况下，您的税务状况不会因为社保公积金基数的调整而发生改变。
为了更准确地了解您的具体情况，我建议您仔细审查您的社保公积金缴纳记录、个人所得税申报记录以及相关的税务政策。如果您在审查过程中遇到任何问题或疑问，或者需要进一步的法律帮助和咨询，请随时联系我，我会根据您的具体情况为您提供更详细的解答和建议。