当公司进入破产清算程序时，对于在职员工的赔偿问题，主要依据《中华人民共和国企业破产法》和《劳动合同法》的相关规定来处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则与依据
清偿顺序：根据《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会按照一定顺序进行清偿。其中，破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用和法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，处于优先清偿的第一顺位。
劳动合同终止与经济补偿：依据《劳动合同法》，当用人单位被依法宣告破产或决定提前解散时，劳动合同自动终止。在这种情况下，公司需要向劳动者支付经济补偿。
二、经济补偿的计算
计算标准：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限来计算。具体来说，每满一年支付一个月工资的经济补偿；工作超过六个月但不满一年的，按一年计算；工作不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动合同终止前十二个月的平均工资。
最高限额：如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
三、实际操作中的注意事项
及时申报债权：在公司进入破产清算程序后，员工应及时向清算组申报自己的债权，包括工资、社保费用以及经济补偿等。
关注清算进展：员工应密切关注破产清算的进展，以便及时了解自己的债权是否得到确认以及何时能够获得清偿。
寻求法律援助：如果在破产清算过程中遇到任何问题或纠纷，员工可以寻求专业的法律援助来维护自己的合法权益。
综上所述，当公司破产清算时，对于在职员工的赔偿问题会依法进行。员工应了解自己的权益和相关的法律规定，以便在清算过程中维护自己的合法权益。