假如三月有31天，单休制固定周日休，但实际休息了两天，工资应按实际出勤天数计算，即（应出勤天数-缺勤天数）×日工资。具体分析如下：

一. 工资计算方式

1. 应出勤天数：三月有31天，单休制固定周日休，因此应出勤天数为31天减去4个周日（3月有4个完整的周日），即27天。
2. 实际出勤天数：由于实际休息了两天，且其中一天为周日，那么实际出勤天数为27天（应出勤天数）减去1天（非周日的休息日），即26天。
3. 日工资：日工资=月工资/月计薪天数。月计薪天数通常为21.75天（这是基于全年平均每月工作日数的计算，考虑了法定节假日和调休等因素）。
4. 实际工资：实际工资=实际出勤天数×日工资。

二. 具体计算

• 假设月工资为5000元，那么日工资为5000元/21.75天≈229.89元。
• 实际出勤天数为26天，因此实际工资为26天×229.89元/天≈5977.14元。

综上所述，在三月有31天、单休制固定周日休但实际休息了两天的情况下，工资应按实际出勤天数26天来计算，假设月工资为5000元，则实际工资约为5977.14元。如有进一步需要，您可以继续咨询我。