公司因市场原因裁撤一个部门，如果协商不成，公司需要按照法律规定的程序进行处理。具体来说：

1. 经济性裁员的前提：

   • 公司需确因生产经营发生严重困难，或其他法定情形（如转产、重大技术革新等），导致需要裁减人员。
   • 裁撤部门应属于公司生产经营调整的一部分，且需符合经济性裁员的标准。

2. 协商不成的处理：

   • 提前通知：公司应提前三十日向工会或全体职工说明情况，并听取工会或职工的意见。
   • 裁员方案：制定详细的裁员方案，包括裁员人数、裁员岗位、裁员标准、裁员时间表等，并报劳动行政部门备案。
   • 经济补偿：对于被裁员工，公司应依法支付经济补偿金。经济补偿金的标准通常按员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

3. 法律程序：

   • 如果员工对裁员决定有异议，可以通过劳动仲裁或诉讼的方式维护自己的权益。
   • 公司应确保裁员过程符合法律法规，避免引发不必要的法律纠纷。

4. 后续安排：

   • 公司应做好被裁员工的善后工作，如提供职业咨询、就业指导等，以减轻裁员对员工的影响。
   • 同时，公司也需关注留任员工的情绪和工作状态，确保公司运营的稳定。

综上所述，公司在裁撤部门时，应依法进行，确保裁员过程的合法性和合理性。如果协商不成，公司应遵循法律规定的程序，妥善处理与被裁员工的关系，避免引发法律纠纷。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。