员工擅自在手机软件上申请离职，未按照公司规定提交书面离职单，可能导致离职流程不审批。详细分析如下：

1. 离职申请的形式要求：

   • 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这里的“书面形式”通常指的是能够留下明确记录的书面材料，如辞职信、邮件等，而不仅仅是手机软件上的申请。
   • 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了离职申请的具体形式（如必须提交书面离职单），则员工应遵守这一规定。

2. 离职流程不审批的原因：

   • 未遵循法定或约定形式：员工擅自在手机软件上申请离职，可能未满足公司对于离职申请形式的要求，因此导致离职流程不被审批。
   • 缺乏有效沟通：员工未向车间主管直接提交书面离职单，可能导致主管不了解员工的离职意愿，或无法对离职申请进行及时处理。

3. 处理建议：

   • 补正离职申请：员工应尽快按照公司规定的形式（如提交书面离职单）补正离职申请，并确保该申请能够有效送达给车间主管或人力资源部门。
   • 与主管沟通：在补正离职申请的同时，建议员工与车间主管进行沟通，解释离职原因和之前的申请方式，以便主管能够及时处理离职流程。
   • 了解公司规定：员工应仔细了解公司的离职流程和规章制度，确保在离职过程中遵守相关规定，避免类似问题再次发生。

综上所述，我建议员工在离职时应严格按照公司规定的形式提交离职申请，并与主管进行有效沟通，以确保离职流程能够顺利进行。若因特殊原因无法按照规定形式提交申请，也应及时与公司相关部门沟通并寻求解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。