针对“项目做了但没签合同”这一情况，为确保双方权益并妥善处理可能存在的问题，您可以按照以下步骤进行：

一、尽快补签合同

如果双方的合作意愿和基础都良好，那么首要的任务就是尽快补签一份书面合同。这份合同应该详细明确工程的具体范围、质量标准、价款支付方式、工期等关键性条款。补签合同不仅能为后续的施工和结算提供法律上的保障，还能有效避免未来可能出现的纠纷。同时，请确保补签的合同内容完备、条款清晰，且符合相关法律法规的要求。

二、全面且细致地收集证据

无论是否能成功补签合同，您都应该积极地去收集那些能够证明双方存在建设工程施工合同关系以及合同履行情况的各种证据。这些证据可能包括但不限于：

• 往来文件：如电子邮件、信件、传真等；
• 会议纪要；
• 施工记录：如施工日志、进度报告、质量检验报告等；
• 付款记录；
• 聊天记录（需确保保留原始载体）；
• 签证单、工程进度报表；
• 材料采购凭证；
• 施工图纸、施工指令；
• 双方往来函件等。

这些证据在后续可能发生的任何纠纷中都将是至关重要的，它们能有效地支持您的主张，并帮助您维护自身的合法权益。

三、尝试友好协商解决纠纷

如果出现争议，双方应首先尝试通过友好协商来寻求解决方案。这种方式不仅成本较低、效率较高，而且有利于保持双方之间的合作关系。在协商过程中，请明确协商的目的，比如是否继续履行合同、如何补签书面合同或是对已完成的工程部分进行结算等。同时，请注意协商的方式和态度，保持平和与理性，摆事实、讲道理，并尽量以书面形式记录协商的过程和结果。

四、考虑寻求第三方调解或法律途径

如果协商未能达成一致，您可以考虑寻求第三方的调解，比如通过行业协会、专业调解机构或当地政府相关部门设立的调解中心来进行调解。在提交相关材料时，请详细说明工程项目的情况以及双方的争议焦点，以期达成和解协议。

如果调解仍然无法解决问题，那么您可以考虑通过法律途径来维护自身的权益。根据具体情况，您可以选择申请仲裁（需有仲裁协议）或是向人民法院提起诉讼。在此过程中，请充分利用您之前收集的证据来支持自己的主张，并严格遵守相关的法律法规和程序要求。

五、特别注意劳动者权益及诉讼时效问题

如果工程项目涉及劳动者且未签署正式劳动合同，劳动者应尽快与雇佣方进行协商并补充签订相关合同。如果协商无果，劳动者需要收集和整理能够证明自己在该岗位上实际工作的相关资料，并向当地劳动监察部门投诉或直接向劳动仲裁机构提起诉讼。在此过程中，劳动者有权要求雇主支付未签署劳动合同期间的双倍薪资。

另外，处理工程项目未签订合同的相关纠纷时，还需要特别注意诉讼时效问题。一般民事纠纷的诉讼时效为三年，因此请务必及时采取措施来维护自己的合法权益，以免因错过诉讼时效而丧失法律的保护。

综上所述，当项目已经进行但尚未签订合同时，您应优先补签合同并明确双方的权利义务；同时全面收集证据以备不时之需；出现纠纷时，应优先通过协商解决；协商不成时，再考虑通过法律途径或第三方调解来维护自身的权益。在整个过程中，请特别注意诉讼时效问题以及劳动者权益的保护问题。